六朝研究所成立于2012年，设立在旅游与社会管理学院，是学报编辑部和旅游与社会管理学院共同建设的学术平台。

我校六朝研究具有良好的学术传统。近三十年来，在已故江苏省六朝史研究会前会长邱敏教授带领下，历史专业团队同仁共同努力，先后出版和发表了六朝系列研究论著，在国内外产生了重要的学术影响。《南京晓庄学院学报》累年开设“六朝研究”特色专栏，在国内外学术界享有较高的声誉。